东莞水处理设备的原水罐一般都是不锈钢材质的，自来水中原本就会加过氯进行消毒，若机器长时间不使用时间超过1个月就要将原水箱里面的水放干。比较常见的消毒药品有漂白粉、次氯酸钠溶液。

对东莞水处理设备的原水罐进行消毒主要是清除原水灌里的微生物细菌。配好消毒水以后将原水罐里的水放干，对内壁进行喷雾消毒，内壁要全部喷到。然后再用自来水冲洗干净即可，这期间产生的脏水一定要排入下水道。

一般来说二级RO膜以及过滤器、管道、原水罐等都不需要消毒，但要进行定期的清洗与更换。
夜间停机时用自来水对石英砂过滤器以及活性炭过滤器进行反洗。

精滤器要进行每周排水一次，精滤器内的PP滤芯，要每隔1到3个月清洗一次，可以拆卸拧下外壳以取出滤芯，用水冲洗干净以后再重新安装上就可。一般会建议半年更换一次。砂滤器或是碳滤器里的石英砂或活性炭，建议一年或半年彻底清洗更换一次。

如果不是因为温度和压力的因素而引起产水量逐渐减少或是水质逐渐下降超标，则说明反渗透膜需要进行清洗了。

东莞水处理设备的原水罐的进水管应当设置三通，进水时要先目测水质，避免因为城市供水管污染，而使脏水进入原水罐。